Công tố viên chính, Đại tá Walter H. Foster IV của Quân đội, đã yêu cầu ban hội thẩm đưa ra một bản án nghiêm khắc. Ông thừa nhận rằng ông Khan đã nhận được “sự đối xử cực kỳ thô bạo” trong sự giam giữ của CIA nhưng nói rằng ông “vẫn còn sống”, đó là “điều xa xỉ” mà các nạn nhân của các cuộc tấn công Qaeda không có.
Quản đốc bồi thẩm đoàn, một thuyền trưởng Hải quân, cho biết trước tòa rằng anh ta đã tiếp nhận yêu cầu bào chữa và soạn thảo lá thư khoan hồng bằng tay, và tất cả trừ một sĩ quan trong hội đồng kết án đã ký tên vào nó, sử dụng số thành viên hội đồng của họ vì các bồi thẩm viên được giấu tên tại tòa án an ninh quốc gia tại Guantánamo.
Ian C. Moss, một cựu thủy quân lục chiến là luật sư dân sự trong đội bào chữa của ông Khan, gọi bức thư là “một lời quở trách bất thường”.
Ông nói: “Một phần của điều khiến bức thư khoan hồng trở nên mạnh mẽ là do thâm niên của các thành viên bồi thẩm đoàn, đó là lý do mà sự nghiệp quân sự của họ đã bị ảnh hưởng theo những cách trực tiếp và có thể là do cá nhân trong hai thập kỷ chiến tranh vừa qua,” ông nói.
Các bồi thẩm viên không cho rằng bất kỳ cách xử lý nào của ông Khan là bất hợp pháp. Bức thư của họ lưu ý rằng ông Khan, người chưa bao giờ nhập quốc tịch Hoa Kỳ, được coi là “kẻ thù không đội trời chung của người ngoài hành tinh”, một tình trạng khiến ông đủ điều kiện để xét xử bởi ủy ban quân sự và “không được đảm bảo về mặt kỹ thuật các quyền của công dân Hoa Kỳ.”
Tuy nhiên, các sĩ quan lưu ý, ông Khan đã nhận tội, làm chủ hành động của mình và “bày tỏ sự hối hận về tác động của các nạn nhân và gia đình của họ. Sự minh bạch được khuyến khích. ”
Việc tuyên án đã bị trì hoãn trong gần một thập kỷ sau khi ông nhận tội để cho ông Khan thời gian và cơ hội hợp tác với các công tố viên liên bang và quân đội, cho đến nay ở hậu trường, trong các vụ khủng bố liên bang và quân sự. Trong những năm gần đây, các công tố viên và luật sư bào chữa đã xung đột trong các hồ sơ tòa án về việc ai sẽ được gọi để làm chứng về sự lạm dụng của ông Khan khi bị CIA giam giữ, và bằng cách nào.